胰腺癌hsa-miR-194的生物信息学分析及靶基因预测

目的 分析胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)中的差异表达miRNA,预测hsa-miR-194的靶基因并进行功能富集分析,探讨其参与恶性肿瘤的分子机制.方法 检索TCGA数据库中有关PAAD的miRNA-seq转录本数据,通过Perl程序语言、R软件筛选出PAAD与正常组织间显著差异表达的miRNA;通过miRbase查看miR-194的碱基序列及物种保守性,并基于miRGator数据库检索hsa-miR-194在不同疾病中的表达情况;使用MethHC数据库分析hsa-miR-194在PAAD中的DNA甲基化水平;采用TargetScan v7.0、miRanda和DIANA-microT-CDS数据库预测hsa-miR-194的靶基因,同时结合miRTarBase数据库进行验证;最后,利用DAVID网络在线富集工具对证实的靶基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析.结果 hsa-miR-194在PAAD等多种癌症中表达上调(P<0.05),其序列在多种物种中高度保守,且在PAAD中的DNA甲基化水平显著降低(P<0.05);Targetscan等数据库预测的15个靶基因主要富集于细胞粘附、胚期后发育、蛋白结合等生物学过程,主要参与了细胞周期调控、JAK-STAT、TGF-beta、Ras等信号通路以及多种癌症发生相关信号转录通路的调控.结论 hsa-miR-194可能参与了胰腺癌等恶性肿瘤的发生发展,其靶基因所富集的功能与通路为后续实验研究奠定了理论基础.