基因芯片筛选非综合征型唇腭裂差异表达基因的初步研究

目的:利用全基因组表达谱芯片技术,分析非综合征型唇腭裂(nonsyndromic cleft lip with or without palate,NSCL/P)患儿与正常儿童基因表达的差异,筛选出非综合征型唇腭相关基因.方法:采用离心柱法分别提取正常儿童和NSCL/P患儿腭部组织各3例的总RNA,经纯化后逆转录为cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,经纯化及质检后与Agilent 4×44 k人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验筛选差异表达基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性.结果:筛选出差异基因共254个,其中表达上调的有151个,表达下调的有103个.选取5条差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,ADH1C(t=5.132,P=0.000)、RDH10(t=2.960,P=0.039)、HIST1 H2BD(t=4.446,P=0.001)3条基因表达下调,KAT2B(t=-4.945,P=0.000)、FOSB(t=-3.666,P=0.005)2条基因表达上调,差异有统计学意义,且与芯片结果表达趋势一致.结论:NSCL/P患儿基因表达与正常儿童存在明显差异,分析这些差异基因,有助于阐明NSCL/P的发病机制,为疾病的预防提供理论依据.