基于TCGA数据库分析肝癌miRNA及其靶基因的预后意义

目的:通过生物信息学分析筛选与肝癌预后有关的miRNA及其调控的靶基因,为开发肝癌新的预后标志物及治疗策略提供新思路.方法:利用来自TCGA数据库中肝癌的miRNA表达数据、mRNA表达数据和临床预后数据,利用R软件中的limma包和survival包对miRNA进行差异表达分析和预后分析,利用多个数据库对具有预后意义的miRNA进行靶基因预测并降维得到高置信度的靶基因集,对所有靶基因进行GO、KEGG和蛋白进行互作网络分析;对筛选出来的枢纽基因在肝癌中的预后意义进行分析,并对其激酶靶点进行预测.结果:通过差异分析和预后分析筛选出4个可以作为肝癌预后标志物的miRNA;通过进一步预测其靶基因并结合蛋白互作网络分析,得到3个枢纽基因,其中EZH2可以作为肝癌的预后标志物;靶基因的富集分析表明基因主要富集在血管生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、粘着斑通路等方面.结论:从本研究中挖掘出4个miRNA可以作为肝癌的潜在预后标志物,同时在其调控靶基因网络中SRC、EZH2和PRKCA是重要的调控结点,且EZH2作为肝癌潜在预后标志物具有较好的研究价值.