通过生物信息学方法识别颈动脉粥样硬化斑块相关风险基因

目的 初步探索颈动脉粥样硬化进展的分子机制.方法 从Gene Expression Omnibus数据库下载颈动脉斑块的基因表达谱数据集GSE43292.该数据集包含32例颈动脉粥样斑块组织和32例斑块旁组织,运用整合生物信息学方法探寻与动脉粥样斑块发生高度相关的风险基因,并收集12对颈动脉粥样斑块组织(n=12)和斑块旁组织(n=12),运用荧光定量PCR(8对组织)和 Western blot(4对组织)验证上述基因差异表达.结果 本研究共发现816个差异表达基因,生物信息学分析提示SYK、LYN、PTPN6和VAV1可能在颈动脉斑块进展中发挥重要作用.荧光定量PCR和Western blot结果提示SYK、LYN和PTPN6在动脉斑块中表达情况与上述芯片分析结果相一致.结论 本研究为揭示动脉粥样硬化的发生机制提供新的研究角度,PTPN6可能为动脉粥样斑块的预后和治疗提供新的分子靶点.