青南高原多房棘球蚴SBACT5基因的克隆和生物信息学分析

目的 胆汁酸钠协同转运蛋白在棘球绦虫发育过程中起着重要作用.文中研究克隆多房棘球蚴(Em)的胆汁酸钠协同转运蛋白5(EmSBACT5)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析. 方法 采用RT-PCR技术扩增EmSBACT5基因并测序,采用生物信息学软件对编码蛋白的理化性质、亲/疏水性、跨膜域、翻译后修饰位点、结构域、二级结构、三级结构、亚细胞定位和生物学功能进行预测分析. 结果 扩增出654bp的完整开放阅读框,其编码217个氨基酸,与公布的细粒棘球蚴(Eg)的EgSBACT5基因核苷酸和氨基酸同源性分别达98%和96%.蛋白分析结果显示,EmSBACT5蛋白分子式为C1141H1797N273O284S11,相对分子量为24240,pI为8.99.含有9个翻译后修饰位点和4处典型的结构域.α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲所占的比例分别为29.95%、31.80%、7.83%和30.41%.该蛋白为疏水性跨膜蛋白,主要定位于细胞质膜中,可能在物质转运和信号传递过程中发挥作用. 结论 成功克隆出EmSBACT5基因并获得其编码蛋白的的信息学特征,为包虫病防治提供基础信息.