类风湿关节炎差异表达基因筛选、生物信息学分析及其潜在治疗药物的预测

目的 筛选类风湿关节炎(RA)差异表达基因,对差异表达基因进行生物信息学分析,并预测潜在的RA治疗药物.方法 采用GEO2R在线工具软件分析RA数据集GSE97779和GSE1919,获得RA差异表达基因.通过String数据库构建RA差异表达基因蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件cytoHubba插件筛选出核心基因,并进行差异表达基因功能富集分析、通路富集分析和RA潜在治疗药物的预测.结果 共筛选出了100个RA差异表达基因,其中上调基因77个,下调基因23个;最终得到具有81个节点、383条边的PPI网络;GO和KEGG富集分析显示差异表达基因主要富集于免疫反应、质膜外侧面、CXCR3趋化因子受体结合和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路.在药物基因相互作用数据库中发现了3个潜在治疗药物,分别是马拉维克、阿利法西普、艾地氯喹.结论 RA样本中共有100个差异表达基因;差异表达基因主要富集于细胞因子活性、G蛋白偶联受体结合、细胞因子-细胞因子受体相互作用和趋化因子信号通路等;马拉维克、阿利法西普、艾地氯喹是RA潜在的治疗药物.