短扩增子对结直肠癌转移石蜡组织LncRNA定量分析的可行性

目的 探讨短扩增子对结直肠癌转移石蜡包埋组织(以下称石蜡组织)长链非编码RNA(LncRNA)定量分析的可行性.方法 筛选与结直肠癌转移相关的4条LncRNA (LncRNA-Enst00000554679、LncRNA-Enst00000550851、LncRNA-Enst00000497498、LncRNA-Enst00000513016).收集结直肠癌石蜡组织55例份、结直肠癌冰冻组织40例份,每份标本包含结直肠癌组织、癌旁正常组织和转移淋巴结组织.采用实时荧光定量PCR法检测25例份冰冻组织中结直肠癌组织、癌旁正常组织、转移淋巴结组织4条长扩增子扩增后LncRNA表达.设计4条LncRNA的短扩增子引物,评估长、短扩增子在冰冻组织和石蜡组织中的扩增效率及测定系数(R2).分析冰冻组织中短扩增子和长扩增子的定量一致性以及冰冻组织和石蜡组织短扩增子的定量一致性.分别为4条LncRNA设计3对短扩增子引物,分析石蜡组织中3个短扩增子的定量一致性.结果 癌旁正常组织、结直肠癌组织、转移淋巴结组织4条LncRNA相对表达量逐渐升高(P均<0.05).短扩增子在冰冻组织和石蜡组织中均能达到最佳扩增效率,而长扩增子均未达到最佳扩增效率,短扩增子的R2明显高于长扩增子(P<0.05).在冰冻组织中短扩增子和长扩增子的定量一致性为62.5％;冰冻组织与石蜡组织短扩增子的定量一致性仅为25.0％.4条LncRNA中3个短扩增子扩增循环数变化趋势一致率为37.5％,2个短扩增子扩增循环数变化趋势一致率达到100％.结论 筛选的4条LncRNA在结直肠癌转移组织中表达升高;使用短扩增子对石蜡组织LncRNA进行定量分析是可行的.