加权基因共表达网络分析方法挖掘TCGA数据库中与肝癌分期相关的关键基因

目的 原发性肝癌是一类高发病率、高病死率的消化道恶性肿瘤.早期诊断困难,且术后高复发率和高转移率,预后差,因此从基因水平更好地了解肝癌的发生、发展,为以后基因治疗或靶向药物治疗提供理论基础显得尤为重要.方法 使用TCGA数据库获取肝癌基因转录组数据信息及临床表型信息,利用R语言里edgeR软件包将该转录组数据进行标准化,设定log FC绝对值＞1,FDR＜0.01的基因为表达差异基因,然后使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法分析肝癌分期与差异表达基因的关系,寻找关键基因.结果 得到与肿瘤分期相关的关键基因4个(TPX2、HJURP、KIAA1524、SGO2).通过绘制Kaplan-Meier生存曲线发现,它们的表达水平与患者生存时间显著相关,高水平表达为独立预后不良因素.结论 应用WGCNA的方法,对TCGA数据库信息进行挖掘,发现与肿瘤分期相关的关键基因.其中TPX2、HJURP、KIAA1524与肝癌的关系已有文献报道,但SGO2尚未报道,本研究将为肝癌的后续研究提供重要的理论依据.