Smoothened沉默胚胎成纤维细胞NIH/3T3的mRNA表达谱分析

目的 探讨通过沉默Smoothened(Smo)基因抑制Hedgehog通路后,小鼠胚胎成纤维细胞NIH/3T3中mRNA表达谱的变化.方法 提取Smo沉默和对照NIH/3T3细胞的总RNA,并进行测序.与对照组比较,分析差异表达的mRNA,通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析和预测这些差异表达mRNA的相关功能.选取差异表达mRNA进行实时定量PCR验证.结果 通过测序在Smo沉默的NIH/3T3细胞中发现有2289个mR-NA差异表达,其中1646个mRNA在Smo沉默后表达下调,而643个mRNA表达上调.荧光实时定量PCR结果与测序结果一致.生物信息学分析显示,差异表达mRNA参与细胞过程、单有机体过程、生物学调节.差异表达mRNA富集在轴突导向(ko04360)、癌症通路(ko05200)、癌症中的microRNA(ko05206)等通路.利用GEPIA数据库分析CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10及其受体在食管癌和正常食管组织中的表达情况,和预后的预测分析.结论 在NIH/3T3细胞中沉默Smo抑制Hedge-hog通路可能会通过细胞因子CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10影响肿瘤细胞的增殖.