先天性小耳畸形microRNA及mRNA表达谱的变化及关键靶基因的筛选

目的 筛查先天性小耳畸形患者整个基因组存在表达水平异常的microRNAs (miRNAs)和mRNAs,从中找出关键靶基因,进而探讨关键靶基因表达水平的异常及其调控网络与先天性小耳畸形发病之间的关系.方法 收集先天性小耳畸形患者的残耳软骨组织为研究对象,以同一患者的健侧正常耳软骨组织作为自身对照.选用Exiqon miRCURY LNATM microRNA Array芯片及Arraystar Human mRNA/LncRNA Microarray芯片,对实验组3例及对照组3例样本的基因组miRNAs和mRNAs表达水平进行扫描,利用差异表达的倍数变化筛选存在表达水平差异的差异miRNAs和mRNAs.通过miRanda、miRDB、miRWalk、RNA22、Targetscan这5个数据库进行检索,预测差异miRNAs调节的靶基因.将预测靶基因与差异mRNAs对应的基因进行交叉对比,寻找同时存在miRNA和mRNA表达水平差异的关键靶基因及其对应的关键miRNAs.结果 本研究筛选出24个具有表达水平差异的miRNAs,同时筛选出515个表达水平差异的mRNAs;将预测到的miRNAs调节的靶基因与mRNA表达谱中的差异基因进行交叉对比,得到对应的mi1RNA和mRNA表达水平均存在显著性差异的关键靶基因6个(CAST、MLL、MMP13、OTUD4、PDE5A、TGOLN2).结论 初步建立了先天性小耳畸形的miRNA表达谱和mRNA表达谱,找到了先天性小耳畸形表达异常的关键靶基因;初步建立了1个与miRNA以及mRNA表达水平相关的调控网络,有利于进一步探讨关键靶基因及其调控网络与先天性小耳畸形发病的关系.