瓠瓜幼叶转录组功能基因测序及分析
Journal of Nuclear Agricultural Sciences（2020）
摘要
为探讨瓠瓜转录组功能基因信息,对福州芋瓠瓠瓜叶片进行了Illumina Hiseqxten高通量无参转录组测序分析,共获得664 252 268个reads片段,经序列组装共计获得87 518个Unigene,总长度高达91 405 320 bp,76.03％的Unigene长度主要集中在1～1 000 bp.功能注释结果显示,有55 725个Unigene在Nr数据库获得注释,注释到葫芦科的Unigene数量最多,有26 354个,占总Unigene的47.29％.GO数据库注释到18 278个Unigene,可以分为分子功能、细胞组分和生物学过程共三大类的55个亚类.COG数据库中有41 635个Unigene获得注释,分布在信息存储与处理、细胞过程和信号传递、新陈代谢、无特征基因四大类的25个功能区域,其中参与氨基酸运输和代谢的Unigene数量最多.KEGG数据库中有24 770个Unigene获得注释,涉及到220个KEGG代谢途径.SSR位点检索结果显示,包含SSR序列的8 617条Unigene中存在11 029个SSR位点,发生频率为9.846％.本研究结果为进一步深入开展瓠瓜功能基因研究和SSR分子标记开发奠定了重要基础.
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