毛竹NF-Y家族基因的鉴定与表达分析

为阐明毛竹NF-Y家族基因的结构、进化关系和表达情况,本研究利用水稻和拟南芥NF-Y家族的蛋白序列,通过Blast比对分析,鉴定出33个毛竹NF-Y家族基因.基于植物NF-Y亚家族成员的氨基酸序列特征,毛竹33个NF-Y家族成员分为3个亚家族,分别命名为PhNF-YA、PhNF-YB和PhNF-YC.构建毛竹、二穗短柄草、粟、水稻和拟南芥NF-Y家族系统发育树,结果表明,毛竹各NF-Y亚家族成员的进化趋势不同,与PhNF-YA亚家族相比,PhNF-YB和PhNF-YC在进化上较为保守,毛竹在NF-YA亚家族上可能出现了扩增,而在NF-YB和NF-YC两个亚家族上可能出现了成员丢失现象.通过Cufflinks等软件对毛竹7个组织材料的转录本深度测序数据分析,发现有些NF-Y家族基因在各器官中普遍表达,如PhNF-YA7、PhNF-YA3和PhNF-YB8在根茎叶中均有表达;有些NF-Y家族基因则在特定器官表达,如PhNF-YA1、PhNF-Y2、PhNF-YA4和PhNF-YA10在竹笋幼根表达.实时荧光定量RT-PCR分析毛竹NF-Y家族基因在毛竹笋各个组织的表达情况,结果表明,毛竹NF-Y家族基因在不同的节间组织中差异表达.本研究结果为进一步深入探究毛竹NF-Y家族基因功能奠定了理论基础.