茶树'云抗10号'全基因组SSR信息分析及4CL基因引物开发

SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在茶树的研究中发挥了重要的作用.本研究运用生物信息学及统计学的方法,对己成功绘制了高质量基因组图谱的'云抗10号'茶树全基因组进行分析,获得428 654个具有引物片段的SSR标记.通过对这些SSR区段进行分析,发现不同碱基数目的重复单元之间具有较大的差异:含有二核苷酸的重复单元最多,占总数的54.04％;其次为三核苷酸重复单元,占总数的31.52％.经比较,在茶树与可可的基因组SSR中,二核苷酸SSR重复单元数量最少的都是CG/GC基元;三核苷酸SSR重复单元中数量较少的都有CCG/CGC/GCC基元类型;四核苷酸SSR重复单元最多的都是AAAT/TTTA基元.为进一步研究及验证所设计SSR引物的有效性及多态性,对茶树酚类合成途径中关键酶4-香豆酸乙酰连接酶(4CL)进行SSR引物开发并进行生物信息学分析,获得17对引物.其中13对SSR引物扩增的区域有分布在基因间区,2对在内含子区及2对在5'上游非翻译区.挑选其中的6对引物进行多态性的研究,发现位于内含子区的2对引物具有多态性,其它不表现.在茶树全基因组中大规模开发SSR标记,将为茶树的进化、分类和育种研究提供参考.