基于种子发育过程RNA-Seq的山核桃SSR位点分析
Molecular Plant Breeding（2015）
Abstract
本研究基于山核桃种子发育过程胚和胚乳转录组测序数据,采用MISA软件检测从中所得1 10 959条Unigene中的SSR位点,并与发育雌花芽中所得的SSR位点数据进行了比较,旨在为今后山核桃多态SSR标记的筛选、开发与应用提供借鉴.分析发现,种子RNA-Seq数据中含有SSR位点的Unigene占23.76％,其中单核苷酸(Mononucleotide,59.62％)和二核苷酸(Dinucleotide,32.07％)重复是山核桃中主要的SSR重复类型;SSR重复单元的重复次数分布在5～24次之间,其中5～9次重复SSR位点有1 1 862个,占总数的36.62％;10～14次重复的SSR位点有15 286个,占总数的47.19％;获得了11 883对可供筛选的SSR引物;并发现同一物种不同器官SSR的分布是有所差别的.
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