基于转录组序列的火龙果SSR和SNP多态性分析

为深入挖掘火龙果SSR和SNP分子标记,以自交亲和型火龙果新种质'黔蜜龙'转录组序列为基础,系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征.转录组序列组装共获得96800个unigene,其中28471个unigene在数据库中得到注释,在各个数据库中均得到注释的有5800个.从unigene中搜寻到26167个SSR位点,出现频率为0.35个/kb.SSR重复类型共180种,单核苷酸重复最多(66.00％),其次为二核苷酸重复(23.01％)、三核苷酸重复(9.99％),其他类型较少(1.00％).SSR长度在10～381 bp,10～11 bp的SSR有7988条(30.53％),长度12～20 bp的有15901条(60.77％),长度21～40 bp的有1373条(5.25％),长度大于40 bp的有905条(3.46％).unigene中共有357330个SNP位点,发生频率为1/204 bp,其中碱基转换位点226165个(63.29％),碱基颠换位点141165个(36.71％).6种单碱基变异类型中,C/T、A/G的发生频率最高,分别占31.91％和30.38％.A/T、A/C、T/G和C/G这4种颠换类型分别占SNP总数的7.85％、7.85％、7.2％和13.09％,碱基转换类型比例高于颠换类型.火龙果转录组序列中的SSR和SNP位点丰富,筛选多态性、准确率高的引物,有望在火龙果遗传多样性分析、品种鉴定和遗传图谱构建等方面得到应用.