马铃薯纺锤块茎类病毒内蒙古分离株的克隆及序列分析
wf(2016)
摘要
采用内蒙古自治区采集的感染马铃薯纺锤块茎类病毒(Potato spindle tuber viroid,PSTVd)的马铃薯材料,克隆了PSTVd的全长基因,命名为内蒙古分离株(PSTVd-IM),对其序列进行分析。结果表明,该序列大小为359 bp,其与俄罗斯的PSTVd分离株(EF044305.1)序列吻合。将该分离物与国内外已经报道的PSTVd株系进行了比较,构建了系统进化树,确定了其分类地位;通过序列比对和二级结构分析,发现PSTVd-IM与已报道的PSTVd三类致病类型株系:强株系(U23058.1)、中间株系(AY937179.1)和弱株系(M14814.1)的同源性分别为97.78%,98.61%和99.44%;且与这三种类型株系在中央保守区、致病区和可变区结构域存在差异,说明这些结构域可能与其致病性相关。PSTVd-IM的序列与二级结构分析有利于明确其来源及致病性的差异位点,对于PSTVd的致病机制的研究具有重要意义。
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