马铃薯纺锤块茎类病毒内蒙古分离株的克隆及序列分析

采用内蒙古自治区采集的感染马铃薯纺锤块茎类病毒（Potato spindle tuber viroid，PSTVd）的马铃薯材料，克隆了PSTVd的全长基因，命名为内蒙古分离株（PSTVd-IM），对其序列进行分析。结果表明，该序列大小为359 bp，其与俄罗斯的PSTVd分离株（EF044305.1）序列吻合。将该分离物与国内外已经报道的PSTVd株系进行了比较，构建了系统进化树，确定了其分类地位；通过序列比对和二级结构分析，发现PSTVd-IM与已报道的PSTVd三类致病类型株系：强株系（U23058.1）、中间株系（AY937179.1）和弱株系（M14814.1）的同源性分别为97.78%，98.61%和99.44%；且与这三种类型株系在中央保守区、致病区和可变区结构域存在差异，说明这些结构域可能与其致病性相关。PSTVd-IM的序列与二级结构分析有利于明确其来源及致病性的差异位点，对于PSTVd的致病机制的研究具有重要意义。