基于全基因组重测序技术鉴定转基因大豆插入位点的方法

明确的插入位点及其旁侧序列是转基因材料进入生物安全评价更高阶段的必要条件.传统的插入位点鉴定方法以基于已知外源序列的PCR扩增技术为基础,主要有TAIL-PCR和Genome walk?ing等.大豆是一个古四倍体农作物,近75%的基因以多拷贝或复杂拷贝的形式存在,因此,传统的以PCR为基础的插入位点鉴定方法在转基因大豆中工作效率并不高.以自主研发的转G2EPSPS和GAT基因抗草甘膦转化体ZH10-6和GE-J16为研究对象进行重测序,数据过滤后成对的Paried-end Reads分别拆分为单个独立的Read,每个Read均单独与参考基因组和载体序列进行比对,将一端比对至载体上,一端比对至参考基因组上的复合序列(Junction reads)进行富集,根据富集结果预测转基因大豆的插入位点,并利用PCR扩增测序和遗传共分离分析方法对预测的插入位点进行验证(图1).