香蕉水通道蛋白基因家族的密码子偏好性分析

[目的]研究香蕉水通道蛋白(AQP)基因家族密码子使用特点,为其基因编码规律及功能和分子进化研究提供依据.[方法]采用CodonW、SPSS、Origin等软件分析香蕉AQP基因家族密码子偏好性.[结果]从香蕉基因组中鉴定获得54条香蕉AQP基因,其中包括9条NIPs、21条PIPs、4条SIPs和20条TIPs.香蕉AQP基因家族A、T、C、G出现频率平均值分别为12.0％、15.9％、52.3％和37.4％,平均GC3s含量为75.8％,ENc值在31.0～60.7,平均值为42.9;SIPs、NIPs、PIPs和TIPs分别有2、5、7和6个最优密码子,且多以C结尾,少数以G结尾;ENc和CAI呈极显著负相关,说明密码子第3位碱基会影响基因表达能力.[结论]香蕉AQP家族基因密码子偏好性较弱,偏好使用G和C且以G/C结尾的密码子,PIPs和TIPs密码子偏好性受自然选择的影响较大,而NIPs和SIPs受碱基突变的影响较大.