4个优质鸡群体mtDNA D-loop区遗传多样性分析

本研究旨在利用线粒体DNA(mtDNA) D-loop区序列分析清远麻鸡群体1、清远麻鸡群体2、阳山鸡和清远黄羽乌鸡4个优质鸡群体mtDNA D-loop区遗传多样性.根据GenBank中红原鸡mtDNA序列(登录号:NC_007235.1)针对D-loop区设计特异性引物,PCR扩增并测序后对序列进行分析,统计单倍型数、多态位点数、单倍型多样度、核苷酸多样度和核苷酸平均差异数等,利用Mega 5.10软件计算品种间进化分歧,并构建系统进化树.结果 显示,获得了4个优质鸡群体D-loop区长约591 bp序列,经比对后对其中的549 bp进行分析,A、T、C和G碱基含量分别为27.2％～27.3％、30.1％～30.4％、29.5％～29.8％和12.8％～12.9％,G+C平均含量为42.5％,共发现92处单核苷酸多态位点,其中单一多态位点14个、简约信息位点78个,转换和颠换分别占89.13％(82/92)和10.87％(10/92);单倍型多样度为0.682～0.835,核苷酸多样度为0.00849～0.01167;共存在32种单倍型,可分为A、B、C和E共4个分支,其中B(51.2％)和E(37.6％)为优势分支.基于单倍型构建系统进化树发现,4个优质鸡群体可以归为4大分支,与单倍型分类结果一致.表明4个优质鸡群体均具有中等以上多样性,揭示4个优质鸡群体在进化过程中存在两个及两个以上的母系来源.