水牛SND1基因克隆及生物信息学分析

试验旨在利用电子克隆法对水牛SND1 (staphylococcal nuclease and tudor domain containing 1)基因进行克隆和序列分析,为探究该基因对水牛泌乳性能的作用机制奠定基础.以奶牛SND1基因(GenBank登录号:NM_205784.1)作为种子序列,利用Primer Premier 5.0设计3对引物,以水牛基因组DNA为模板,PCR扩增水牛SND1基因mRNA序列,扩增获得序列连接pMD18-T载体,通过测序拼接获得水牛SND1基因mRNA全序列,并对其进行生物信息学分析.结果显示,水牛SND1基因完整编码序列长为3 503 bp,包含长为2 733 bp CDS序列,编码910个氨基酸,蛋白分子式为C4523 H7183 N1281 O1354 826,分子质量为102.01 ku,理论等电点(pI)为6.74,不稳定系数为42.07,平均亲水性为-0.419,属可溶酸性蛋白.二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,其中α-螺旋占37.80％,无规则卷曲占34.18％.结合Protfun 2.2在线软件对SND1的功能进行预测分析表明,该蛋白在嘌呤和嘧啶、中央中间代谢、能量代谢、氨基酸生物合成发挥功能的可能性分别为0.449、0.401、0.303和0.262.SND1基因编码区序列与黄牛、绵羊、山羊、猪、马、人的同源性分别为98.7％、97.8％、97.8％、93.8％、93.1％和91.7％,物种之间同源性较高,系统进化情况与其亲缘关系远近一致.利用SMART在线软件预测蛋白结构域,结果显示,水牛SND1蛋白包含有4个SN区域,说明SND1基因编码区在进化过程中较为保守.