Marc145细胞源EDC3基因的克隆及其生物信息学分析

为获得Marc145细胞源EDC3基因序列,分析其序列特征及编码蛋白的结构和功能,本试验采用RT-PCR方法从Marc145细胞中扩增EDC3基因,并进行克隆和序列测定;应用DNAStar软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,与参考序列经BLAST比对后分析同源性,并构建系统进化树;利用生物信息学方法对其编码区蛋白进行二级结构、三级结构、B细胞表位、跨膜结构域和信号肽预测.结果显示,Marc145细胞源EDC3基因长度为1527 bp,共编码507个氨基酸;EDC3基因编码区核苷酸序列与绿猴、猕猴、狒狒、人、倭黑猩猩、马、野猪、虎鲸、绵羊、非洲象和大熊猫的同源性在91.5％ ～99.2％ 之间,与非哺乳动物原鸡同源性最低,仅为81.2％;EDC3氨基酸序列与上述物种的同源性在95.3％ ～99.6％ 之间,与原鸡的同源性仅为88.8％.系统进化树结果显示,Marc145细胞源EDC3基因与绿猴的亲缘关系最近,其次是灵长类.蛋白结构预测结果表明,EDC3蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,分别为23.38％ 和47.35％,二级结构与三级结构预测结果相符.该蛋白存在多个B细胞优势抗原表位,无跨膜结构域及信号肽区域.本试验结果可为M arc145细胞源EDC3基因功能的进一步研究提供参考.