猪戊型肝炎病毒吉林地区分离株全基因序列的分析

为了了解吉林地区HEV分子背景和流行特征,对2013年采自吉林地区养殖场的毒株编号为Ch-S-1的Ⅳ型戊型肝炎病毒(HEV)的全基因序列进行了分析.通过提取病毒RNA,采用RT-PCR方法分段扩增HEV全长基因,两端采用RACE法扩增,经过序列测定和拼接,利用ClusterX1.81、MEGA3.0、Phylop win 3.0软件分析基因序列.最终得到了HEV Ch-S-1全长基因组(GenBank登录号EF077630,7 261 bp),其中ORF1、ORF2和ORF3分别编码1 706,674,114个氨基酸.与人源及猪源各基因型HEV相比,Ch-S-1与基因Ⅰ～Ⅲ型的ORF1片段同源性在78.8％～86.9％之间,而与基因Ⅳ型的ORF1片段同源性在93.7％～97.6％.Ch-S-1与基因Ⅰ～Ⅲ型的ORF2片段同源性在87.5％～92.4％之间,而与基因Ⅳ型的ORF2片段同源性在95.9～98.2％.Ch-S-1与基因Ⅰ～Ⅲ型的ORF3片段同源性在75.2％～84.0％之间,而与基因Ⅳ型的ORF3片段同源性在97.5％～99.2％.结果表明:HEV Ch-S-1全序列的基因结构特征与HEV Ⅳ型基本一致.