基于GBS技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代基因组SNP特征的分析

旨在利用基因分型测序(genotyping by sequencing,GBS)技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1 、F2)基因组的SNP特征进行分析.本试验采用 GBS技术对梅花鹿(63个)、马鹿(12个)及其杂交后代(F1代 112 个,F2代 38个,未知类型个体 1个)共 226个个体的血液基因组DNA进行测序,并利用本实验室前期 110只梅花鹿、197只马鹿和 1 只 F1代杂交鹿的测序数据,以梅花鹿金基因组为参考序列进行比对分析.结果,226个个体共产生 Clean data 322.683 Gb,平均每个样品 1 427.802 Mb;将所有样本作为一个群体检测 SNP变异,共检测出 SNP位点 23 943 582个,质控过滤后得到 SNP位点 31 630个.对 31 630个 SNPs使用最大似然(maximum likelihood,ML)法构建的分子进化树显示,梅花鹿、马鹿、F1及 F2代区分明显.对梅花鹿和马鹿的 SNPs进行比对分析,筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异 SNP位点 1 032个(马鹿特异 SNP位点 474个,梅花鹿特异 SNP位点 558 个),计算结果显示,F1代个体包含马鹿特异 SNPs的比例主要在 40％～60％之间,F2代个体含马鹿特异 SNPs的比例主要在 10％～30％之间,马鹿个体中不含梅花鹿的特异 SNPs,梅花鹿中 55.49％的个体不含马鹿特异 SNPs,17.34％的个体含马鹿特异 SNPs的比例低于 1％,13.29％的个体含马鹿特异 SNPs的比例在 1％～10％之间,其余个体含马鹿特异SNPs的比例为 10％～20％(其中有一个个体含马鹿特异 SNPs的比例为 33.3％).该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记,并定量估计了 F1 和 F2代个体含马鹿特异 SNPs的比例,马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs,这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代(F1 、F2)的鉴别具有重要意义.