基于GWAS后分析策略研究TRAPPC9基因对奶牛产奶性状的遗传效应

本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果,在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9 (TRAPPC9)基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证.研究利用混池测序寻找SNPs位点,结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点,进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性.结果发现,SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著(P＜0.05);SNP3位点对乳脂率和乳蛋白率的效应均极显著(P＜0.01);SNP4位点对乳脂率有极显著影响(P＜0.01);SNP5位点对乳脂率和乳糖率的效应显著(P＜0.05).同时发现TRAP PC9基因的表达量对产奶性状也有显著影响(P＜0.05),而TRAPPC9基因启动子区DNA甲基化对产奶性状无直接显著影响.该结果进一步表明,TRAPPC9基因可以考虑作为分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择.