基于RNA-Seq技术分析非致病细胞病变BVDV感染牛单核细胞对NF-κB信号通路的影响

非致细胞病变(NCP)牛病毒性腹泻病毒(BVDV)可引起持续的潜伏感染和免疫抑制,但是具体的感染机制尚不清楚.采用RNA测序(RNA-seq)技术,以NCP BVDV感染牛单核细胞2 h和24 h的细胞为样本分别提取总RNA,并采用HiSeqTM2500高通量测序技术进行转录组测序,对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析.结果显示,在感染2 h后,筛选出差异表达基因9959个,其中4968基因表达上调;在感染24 h后,筛选出差异表达基因7977个,其中4184的基因表达上调;进一步分析NF-κB信号通路的变化,结果显示,在感染后2 h,与免疫反应或抗病毒活性相关的基因表达显著增加,到感染24 h表达水平显著下降.变化显著的基因均与炎症、免疫、自噬和凋亡密切相关.研究建立的牛外周血单核细胞感染BVDV后差异表达基因数据库,丰富了BVDV与宿主之间的相互关系,为BVDV持续感染机制的研究奠定基础.