不同鸡种TAP1基因SNPs和INDEL比对分析

Bowen CHEN,Lingling QIU,Fang WAN,Hongzhi WANG,Yang ZHANG,Zhixiu WANG,Guohong CHEN,Guobin CHANG

China Poultry（2020）

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Abstract

为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析.结果显示:在29个鸡种中共有270个单核苷酸多态性(SNPs),其中TAP1基因外显子中共有116个SNPs,主要发生在外显子9和外显子1上,分别占突变核苷酸总数的25％和24％;引起非同义突变的SNPs共有82个,突变最多的是A/G,氨基酸同源性高于核苷酸;所有29个鸡种中都存在SNPs,快大型青脚麻鸡和红色原鸡在外显子上具有最多的SNPs,发生碱基缺失的鸡种包括固始鸡、安卡鸡、斗鸡罗斯鸡杂交品种、绿壳蛋鸡、来航鸡,其中固始鸡缺失片段最长.TAP1基因在不同鸡种中存在高度变异性,说明这种多样性对于鸡抗病性具有重要作用,研究结果也为鸡的抗病育种提供了参考.

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