黔金荞麦1号转录组测序及生物信息学分析

为了探究黔金荞麦1号种质资源遗传背景、挖掘基因表达和群体遗传学信息,试验采用Illumina HiSeqTM2500高通量测序技术平台对黔金荞麦1号进行转录组测序,并结合生物信息学对转录组数据进行分析.结果 表明:测序质控共得到39 954 078条校正数据(clean reads),包含了5.7 Gb碱基序列信息.对clean reads组装聚类去冗余,获得40 919个单基因簇(Unigene),预测出36 741个编码区序列(Coding sequence,CDS).将Unigene与9大数据库进行比对注释、基因功能及代谢通路分析,共有33 486(81.83％)条Unigene得到注释;13 856条Unigene注释到KOG数据库的25个分类中,其中参与翻译修饰、一般功能及信号传导方面相关注释基因最多;KEGG通路分析共有2 854条Unigene注释到23条代谢通路,其中参与代谢通路、信号传导的注释基因最多.基因结构分析共检测到16 152个单核苷酸突变(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点、1 243个插入缺失标记(insertion-deletion,InDels)及1 419条Unigene含有短片段重复序列(Simple sequence repeat,SSR)位点,其中SSR以三核苷酸重复基元类型最多(983个),占69.27％,以GCC/GGC为主要优势重复序列.说明黔金荞麦1号具有较强的代谢活动和遗传信息处理及修饰能力,并存在丰富的基因结构多样性,可为后期进一步研究其代谢途径、分子遗传标记和基因工程提供基础数据.