2018-2019年广东省猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析

为了了解2018-2019年广东省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采集到的69份样品进行PEDV抗原检测,并对部分阳性样品的S1、M和ORF3基因进行测序,再利用分子生物学软件对测序结果与NCBI中的参考毒株进行遗传进化树的构建、同源性分析及氨基酸序列比对.结果 表明:经RT-PCR检测有38份样品为PEDV阳性,阳性率为55％,阳性率较高.在PEDV S1基因遗传进化分析中,检测毒株均位于G2分支,与VN-VAP 1113核苷酸序列同源性较高,为96.0％ ～ 97.6％;主要有3个氨基酸缺失、5个氨基酸插入及多个氨基酸突变.在PEDV M基因遗传进化分析中,GDxh毒株位于G1-2分支,与DR13核苷酸序列同源性较高,为98.3％:GDhz-1毒株位于G2-1分支,与VN-VAP1113核苷酸序列同源性较高,为98.3％;其他12株毒株位于G2-2分支,与OH851核苷酸序列同源性较高,为97.4％ ～ 99.1％;主要有5个氨基酸突变和1个氨基酸插入.在PEDV ORF3基因遗传进化分析中,GDxh毒株与DR13核苷酸序列同源性为91.6％,主要有4个氨基酸突变和一段氨基酸缺失;其他检测毒株均位于G2分支,其中7株毒株与OH851核苷酸序列同源性为90.2％～92.0％,主要有5个氨基酸突变;另外5株毒株与VN-VAP 1113核苷酸序列同源性均为87.6％,主要有11个氨基酸突变.说明2018-2019年广东省PEDV流行毒株主要为G1型和G2型,流行情况复杂,其S1和ORF3基因对应的氨基酸序列容易发生突变、插入或缺失,给该地区猪流行性腹泻的防治工作带来较大挑战.