PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分折

为了获得猪圆环病毒3型(PCV-3)全基因组克隆及序列,试验采用PCR技术,应用PCV-3全基因组特异性引物,对PCV-3阳性的腹泻仔猪肠内容物进行了PCV-3基因组的扩增和克隆测序,并运用DNAStar、MEGA5等软件对该PCV-3基因组序列进行了比对分析.结果 表明:扩增克隆得到1株PCV-3分离株,命名为PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株,全基因组大小为2 000 bp,其ORF2大小为645 bp,且存在多处碱基突变.与国外PCV-3毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为98.7％～99.0％;与国内毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为97.3％～99.7％;与PCV-2毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性仅为47.3％～48.3％,差异性较大.基于PCV-3基因组核苷酸序列的遗传进化分析结果表明,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株与国内PCV-3 Chongqing-147/2016株(KY075990)、Jiangxi-62/2016(KY075989)株、Jiangxi-3/2016(MF589106)株,与国外US/SD/2016 (KX966193)株处于同一独立的进化分支,亲缘关系较近;与其他国内外PCV-3毒株则处于不同的进化分支,亲缘关系较远.根据PCV-3 Cap蛋白第24位和第27位氨基酸序列特征可知,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型.说明贵州省猪群中存在PCV-3,且分离得到的PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型.