岩扇贝原种和繁育后代肠道和内脏团细菌多样性分析

为研究岩扇贝Crassadoma gigantean的生物学特性和消化代谢机能, 采用传统培养方法分离培养加拿大原种岩扇贝内脏团 (JN) 和肠道 (JC) 及中国育种得到的子一代岩扇贝内脏团 ( YN) 和肠道 ( YC) 4种样品中的细菌, 测定分离到的可培养细菌的16S rRNA基因并确定其分类地位; 提取上述样品中的总DNA, 运用Ion S5TMXL高通量测序平台, 对样品中细菌群落多样性进行分析.结果表明: 用传统方法获得可培养菌株83株, 选取代表菌31株测序并比对, 其分别属于嗜冷杆菌属Psychrobacter、动性球菌属Plano-coccus、弧菌属Vibrio、假单胞菌属Pseudomonas、假交替单胞菌属Pseudoalteromonas、芽孢杆菌属Bacillus、库克菌属Kocuria和副球菌属Paracoccus; 高通量测序结果显示, 4种样品中有效序列群落结构可分为9个门, 分别为变形菌门Proteobacteria、异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus、拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、蓝细菌门Cyanobacteria、软壁菌门Tenericutes、放线菌门Actinobacteria、浮霉菌门Planc-tomycetes和疣微菌门Verrucomicrobia; 加拿大原种岩扇贝肠道样品中的优势菌门为变形菌门 (占80%), 次优势菌门为拟杆菌门 (占15%), 内脏团样品中的优势菌门为变形菌门 (占52%), 次优势门为拟杆菌门(占18%); 中国育种得到的子一代岩扇贝肠道样品中的优势菌门为变形菌门 (占61%), 次优势菌门为拟杆菌门 (占26%), 内脏团样品中的优势菌门为变形菌门 (占73%), 次优势菌门为拟杆菌门 (占17%).研究表明, 岩扇贝的肠道和内脏团微生物具有丰富的多样性, 加拿大原种岩扇贝和国内子一代岩扇贝的肠道和内脏团细菌群落结构存在一定差异.