利用高通量测序开发的熊本牡蛎微卫星标记评价野生和养殖群体的遗传多样性及通用性

利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性.野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(Na)范围为6～39,平均等位基因数为16.5000;有效等位基因数(Ne)范围为1.3529～33.3617,平均值9.5172;观测杂合度(Ho)范围为0.2000～1.0000,平均值0.6715;期望杂合度(He)范围为0.2656～0.9877,平均值0.8321;Shannon-Weiner指数(I)范围为0.6483～3.5858,平均值2.2769;多态信息含量(PIC)范围为0.2545～0.9692,平均值0.8035,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡.养殖群体中,Na平均值为10.2500,Ne平均值为5.8434,Ho平均值为0.6391,He平均值为0.7636,I平均值为1.7914,PIC平均值为0.7207.结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平.研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响.另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-453个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带.