花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发

[目的]开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记.[方法]以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析.[结果]从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09％,平均分布距离为5.9 kb.SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16％;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37％.重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT.有1 164个长度≥20 bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对.随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性.UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类.[结论]开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性.