巨魾线粒体ND3,tRNA-Arg和ND4L基因克隆及多态性分析

为了解巨魾鱼的种质资源情况,采用PCR技术扩增克隆并测序,得到巨魾NADH dehydrogenase subunit-3(ND3),精氨酸的转运RNA(tRNA-Arg)和NADH dehydrogenase subunit-4L(ND4L)基因全序列各12条.通过DNAMAN 5.2.2软件进行序列比对,采用MEGA 5.02软件进行碱基质量分数分析,计算遗传距离,并构建系统发育树.结果表明:巨魾鱼ND3基因序列全长为346 bp,碱基质量分数A为26.2％,T为29.6％,C为28.8％,G为15.4％,其中A+T质量分数(55.8％)高于G+C质量分数(44.2％),12个ND3基因序列存在5种单倍型,发生了5次转换,1次颠换,5种单倍型之间平均相对遗传距离为0.007;tRNA-Arg基因序列全长为71 bp,碱基质量分数A为23.9％,T为23.9％,C为29.6％,G为22.6％,其中A+T质量分数(47.8％)低于G+C质量分数(52.2％),12个基因序列完全一致;ND4L基因序列全长为297 bp,起始密码子为ATG,终止密码子为TAA,碱基质量分数A为24.6％,T为26.3％,C为33.3％,G为15.8％,其中A+T质量分数(50.9％)高于G+C质量分数(49.1％),12个基因序列完全一致;将巨魾鱼与鮡科的其他10种鱼类的ND3,tRNA-Arg和ND4L基因用Minimum Evolution法(ME)构建系统发育树,发现12尾巨魾鱼单独聚为一支,这一结果与传统的形态学分类相似.