一株鸭源H4N8亚型禽流感病毒的全基因测序及遗传进化分析

【目的】禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)根据其表面糖蛋白血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸(neuraminidase, NA)的不同，可分为16种HA和9种NA亚型。根据其致病力的差异可分为高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus, HPAIV)和低致病性禽流感病毒(low pathogenic avian influenza virus, LPAIV)。虽然H4亚型禽流感病毒为低致病性AIV，感染家禽表现为无症状感染，但其对禽类甚至是哺乳动物是一个潜在的威胁，因此必须要加强对H4亚型禽流感病毒的调查监控。【方法】为了探讨H4亚型禽流感病毒的分子特征及遗传演化规律，对2010年在中国华东地区某活禽市场进行流行病学监测时分离到的一株H4N8亚型禽流感病毒A/duck/Nanjing/1102/2010（简称DK/NJ /1102）进行了全基因组序列测定及遗传进化分析。通过常规的血清学试验确定其 HA 亚型，提取病毒总 RNA，并通过 RT-PCR 方法分别扩增出其各基因片段，连接 pGEM-Teasy载体上后进行序列测定。利用GenBank中的BLAST工具进行核苷酸序列的同源性分析，并与GeneBank 中的H4亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。【结果】DK/NJ/1102的HA基因与Mongolia 分离株A/duck/Mongolia/274/2007(H4N3)的核苷酸同源性最高，为98.9%。推导的氨基酸剪切位点序列为“P-E-K-A-S-R-G”，符合典型的低致病性禽流感病毒特征；NA 基因与华东地区分离的鸭源毒株 A/Duck/Eastern China/n91/2009(H3N8)核苷酸同源性最高，达99.4%；PB1、PA和NP基因均与H1亚型禽流感病毒亲缘关系最近；M基因与A/wild duck/Korea/CSM4-12/2009(H5N1)核苷酸同源性最高，高达99.9%；NS基因与韩国2009年分离的H7N7亚型流感病毒遗传距离最近。NS1蛋白的80-84处氨基酸没有发生氨基酸缺失。【结论】该H4N8亚型禽流感病毒基因组构成比较复杂，可能是一株多基因重组病毒。