2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析.按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到pMD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照GenBank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析.结果显示,SCH04基因组全长7439 bp,Sch07基因组全长7438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8％,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3％～97.0％;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7％,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2％.进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近.VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析.