雷蒙德氏棉SWEET基因家族的全基因组鉴定和进化分析

Chen Huimin, Li Wei,Ma Xiongfeng,Pei Xiaoyu,Liu Yangai,He Kunlun,Zhang Fei,Zhang Wensheng, Wang Zhenyu,Yang Daigang,Hu Shoulin

Chinese Agricultural Science Bulletin（2017）

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摘要

为了探索SWEET基因家族在棉花中的分布和作用,基于二倍体D基因组雷蒙德氏棉基因组数据,利用生物信息学方法对SWEET基因家族完成了全基因组水平的鉴定,并进行了系统发育、基因结构、染色体定位和跨膜结构域分析.共获得31个雷蒙德氏棉SWEET基因,分散或成簇分布在11条染色体上,分为3个不同功能的亚家族;跨膜结构域预测显示大部分雷蒙德氏棉SWEET基因含7个跨膜结构域,少部分含6或7个跨膜结构域;基因结构分析显示除GrSWEET、GrSWEET7、GrSWEET9、GrSWEET19含4个内含子外,其余27个SWEET基因均含有5个内含子.这些结果将为进一步深入研究SWEET基因在棉花生长发育中功能奠定坚实的数据基础.

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关键词

chromosome localization,phylogenetic analysis,Gossypium raimondii,gene structure,SWEET gene family

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