c-GMP诱导对盐胁迫下番茄的转录组分析

以市场常见的番茄为材料,采用Illumina高通量测序技术对NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下番茄幼苗进行转录组测序.结果表明:共获得83.35 Gb的原始数据,Q30碱基百分比在90.91％及以上,分别将各样品的原始读数与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从88.03％到92.74％不等.同时将得到的31734条序列注释到不同的数据库(GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG),通过GO数据库,将其划分到细胞组分、分子功能以及生物学过程三大注释类别下的51个亚功能组中,通过COG数据库与KEGG数据库将其分别注释到25个类别与128个代谢通路.在NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下共发现SNP位点127944个,其中仅有22.6％的SNP位点位于非编码区.差异基因结果显示,c-GMP能诱导盐胁迫下更多基因的表达.该转录组测序数据可靠,结果覆盖面广,为番茄c-GMP诱导盐胁迫下基因挖掘与功能研究提供了理论依据.