中国甘薯双生病毒外壳蛋白基因分子变异及遗传多样性分析

甘薯双生病毒是中国甘薯上一类重要病毒,其外壳蛋白(coat protein,CP)基因具有介体传毒、基因包被等多功能.揭示其分子变异,可以为病毒防治及育种工作提供理论依据.利用PCR方法扩增获得了24个甘薯双生病毒分离物的cp基因,采用SDT、DnaSP、RDP3、MEGA等软件对其进行分子变异分析.结果表明:24个分离物核苷酸序列均为765个碱基,一致率为88.3%~100%,编码254个氨基酸,一致率为94.5%~100%.中国甘薯双生病毒分离物系统进化树分为2个组,组I包括大部分分离物及本研究获得的22个分离物,又分为了2个亚组;组Ⅱ含有29个分离物,包括本研究中的XU8_2和XU8_3,这2个分离物与其他分离物可能为不同的种.非同义突变与同义突变比值大于1,说明cp基因处于正向选择即多样化选择.错配分布图除亚组1相对比较平滑外,其余组或亚组分离物均为多峰锯齿状,表明除亚组1种群呈突然暴发的状态外,其他组或亚种群已经存在很长时间,处于动态平衡状态.