文冠果MAPK16基因全长cDNA序列与生物信息学分析
Tianjin Agricultural Sciences（2020）
Abstract
为探明文冠果MAPK16基因的生物学特征及功能,根据文冠果de novo转录组数据搜索MAPK16基因的cDNA序列(XsMAPK16),并对XsMAPK16基因全长cDNA序列进行生物信息学分析.结果显示,XsMAPK16基因cDNA序列包含1个长度为1677bp的完整ORF,可编码558个氨基酸.XsMAPK16蛋白大部分区域为亲水区,由235个ɑ螺旋、232个无规则卷曲,59个延伸链、32个β转角构成.依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型,该模型从第12个氨基酸开始到第362个氨基酸结束.XsMAPK16蛋白与12种其他植物MAPK蛋白的同源性分析显示,文冠果MAPK16与甜橙MAPK的同源性最高(94.93％).该结果将为解析文冠果抗旱的调控机制提供新的理论基础,并为文冠果的抗旱育种提供新思路.
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