胃癌基因芯片测序与异常基因差异表达

目的 通过对胃癌样本基因的富集分析,探索其中RNA可变剪接的变化情况及相关分子机制.方法 回顾性收集中国人民解放军总医院的3例胃癌患者的癌组织及其癌旁组织的病理样本,进行蛋白定量标记、基因芯片检测、高通量测序等以获取数据;通过DAVID等网络软件对样本做GO富集和KEGG通路分析,得出筛选出的基因的差异可变剪接相关信息.结果 总共筛查了与ENSEMBL数据库的基因标识一致的具有单独ENSG ID的基因605个,癌组织与癌旁组织基因水平的差异比较结果表明,其中无差异基因411个,差异上调基因119个,差异下调基因75个;从中筛出差异可变剪接基因共69个.GO富集和KEGG通路分析发现,检测基因主要与分子代谢进程、细胞迁移、细胞外基质组织、血液凝固、细胞基质黏附、信号转导、细胞凋亡负性调控、血管再生、血小板激活、补体系统、脂肪因子信号通路、过氧化物酶体、癌症通路、转化生长因子(TGF)信号通路、轴突导向、细胞周期等有关.结论 与癌旁组织比较,胃癌组织样本中存在着大量差异可变剪接基因,由于剪接位点改变所导致的表达差异可能在胃癌的发生和发展中起着重要的作用.