不同体况对妊娠初期母牛阴道菌群的影响
Journal of China Agricultural University（2020）
摘要
为研究不同体况对妊娠初期母牛阴道菌群的影响,采集相同放牧条件下不同体况妊娠初期西门塔尔母牛18头（每组6头,偏瘦组（TC）,标准组（MC）和肥胖组（FC））阴道分泌物,利用16SrRNA测序技术对其阴道菌群多样性进行分析。结果显示:18份样品平均每份样品测得70 567条序列,经过质控平均得到68 309条序列,质控有效率达96.84%;通过聚类共获得2 677个操作分类单元（Operational taxonomic units,OTU）,37.58%的OTU注释到门水平,24.36%的OTU注释到属水平;标准组阴道菌群Alpha多样性指数的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数均显著低于肥胖组和偏瘦组（P<0.05）;各组阴道菌群的Good’s coverage指数均在99.4%以上,表明样本测序质量较高;在门水平上,偏瘦组、标准组和肥胖组妊娠初期母牛阴道中前10大优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、无壁菌门（Tenericutes）、放线菌门（Actinobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、未知菌门（UnidentifiedBacteria）、螺旋体菌门（Spirochaetes）和Melainabacteria;在属水平上,偏瘦组、标准组和肥胖组前10大优势菌属分别为拟杆菌属（Bacteroides）、阿利斯佩斯菌属（Alistipes）、气球菌属（Aerococcus）、费氏菌属（Faecalibacterium）、链杆菌属（Streptobacillus）、链球菌属（Streptococcus）、棒杆菌属（Corynebacterium）、嗜组织菌属（Histophilus）、脲原体菌属（Ureaplasma）和支原体属（Mycoplasma）,其中标准组嗜组织菌属显著高于其他2组（P<0.05）。
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