林麝粪便细菌多样性研究
Journal of China Agricultural University（2016）
摘要
为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只23岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门（Firmicutes）（51.1%±19.9%）、拟杆菌门（Bacteroidetes）（35.6%±15.5%）、变形菌门（Proteobacteria）（5.2%±5.6%）和未分类菌门（*Unassigned）（2.2%±1.0%）为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目（*Bacteroidales）（16.5%±10.2%）、瘤胃菌科（*Ruminococcaceae）（14.7%±13.8%）和梭菌目（*Clostridiales）（13.7%±3.9%）含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图（PUGMA）显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。
更多关键词
musk deer,shared bacteria community,OTU rarefaction curve,structure of bacteria community
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