内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古牛肠道微生物多样性和功能预测分析
Journal of China Agricultural University（2020）
Abstract
为探究内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古母牛肠道微生物组成及其功能,采集同一地区冬季（11、12月和次年1月）放牧蒙古母牛（各20头）直肠粪便样品,利用16SrRNA测序技术对其肠道菌群多样性进行分析及PICRUSt（Phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states,PICRUSt）功能预测。结果显示,60份样品平均每样品测得90 075条序列,通过聚类共获得3 975个操作分类单元（Operational taxonomic units,OTU）,84.60%的OTU注释到门水平;29.56%的OTU注释到属水平;在门水平和属水平,冬季放牧蒙古牛肠道中优势物种分别为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、拟杆菌属（Bacteroides）和艾克曼菌属（Akkermansia）;随着天气逐渐变冷,食物短缺,蒙古牛肠道中厚壁菌门（Firmicutes）减少,而拟杆菌门（Bacteroidetes）增多;聚类分析发现,11月和12月蒙古牛肠道微生物群落较为相似,而与次年1月相比有明显差异;PICRUSt功能预测发现,随着天气逐渐变冷,免疫系统、环境适应性及细胞运动性相关通路丰度降低,氨基酸代谢通路丰度增加。综上,蒙古牛肠道菌群在适应食物短缺的冬季发挥着重要作用。
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