缺氧预处理诱导大鼠心肌细胞差异表达microRNA的芯片筛选与生物信息学分析
Chinese Pharmacological Bulletin（2015）
Abstract
目的筛选缺氧预处理（hypoxia preconditioning,HPC）诱导成年大鼠心肌细胞差异表达的microRNA（miRNA）,并预测分析miRNA调控的靶基因与功能。方法体外分离培养成年大鼠心室肌细胞,分为对照组（CON）和缺氧预处理组（HPC）,CON组细胞正常培养,HPC组细胞经历10 min缺氧和30 min再给氧,提取心肌细胞总RNA,行miRNA芯片筛选,qRT-PCR验证芯片结果。利用软件预测差异表达miRNA调控的靶基因,分析靶基因富集的基因功能（gene ontology,GO）和信号通路（pathway）。结果与CON组相比,HPC可诱导大鼠心肌细胞miRNA表达谱发生明显改变,共有12个miRNA上调,14个miRNA下调（P<0.01,FDR<0.05）;选择其中荧光信号值>500的7个miRNA,用于生物信息学分析。qRT-PCR检测miR-133b-5p、miR-664-1-5p、miR-6216水平,变化趋势与芯片结果一致。生物信息学分析显示差异表达miRNA所调控的靶基因功能明显富集于27个GO和6条信号通路。结论 HPC可诱导成年大鼠心肌细胞miRNA表达谱明显改变,这些差异表达miRNA可能通过调控靶基因参与HPC介导的心肌细胞保护作用。
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Key words
cardiomyocytes,adult rat,hypoxia pre-conditioning,microRNA,microarray,bioinformatics
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