基于线粒体D-loop区四个鸡种DNA条形码和品种鉴定

我国是世界上鸡(Gallus gallus domesticus)种遗传资源最为丰富的国家之一,随着越来越多的培育品种不断出现,如何区分这些优良鸡种显得尤为重要.本研究旨在探讨线粒体D-loop区序列作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性.对安卡鸡、隐性白羽鸡、河南斗鸡以及丝羽乌骨鸡等4个鸡种共115个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,并分析各个鸡种遗传多态性特点以及种内和种间遗传距离.结果表明,4个鸡种D-loop区全序列大小为1 231～1 232bp,1 231 bp个体在859 bp处存在C碱基缺失,共检测到26个变异位点和15个单倍型,其中安卡鸡、隐性白羽鸡、河南斗鸡以及丝羽乌骨鸡特异单倍型数分别为3、4、3和2个.4个鸡种平均单倍型多样度为0.467～0.799,平均核苷酸多样度为0.00217～0.005 61,种间Kiumura双参数距离为0.435％～0.940％,种间净遗传距离为0.150％～0.712％.聚类分析显示,4个品种线粒体D-loop区分歧较远,聚类结果基本与形态学分类一致;参照己公开发表的单倍型划分标准,发现安卡鸡和隐性白羽鸡主要为E分支,河南斗鸡主要为B分支,丝羽乌骨鸡主要为A分支.本研究为鸡品种鉴定以及遗传资源保护和开发利用提供了理论依据.