番茄枯萎病菌基因组微卫星位点分析与引物设计

Mei LUO, Shufeng LI,Yuanzi LUO, Jiajie WANG,Zhangyong DONG

Journal of Zhongkai University of Agriculture and Engineering（2018）

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摘要

通过对前期测定的番茄枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.lycopersic基因组14501条gene序列进行搜索,发现466个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分布在425条unigenes中,发生频率为2.93％.在番茄枯萎病基因组的SSR中,三核苷酸重复占主导地位,占SSR总数的65.88％.优势重复单元为AGC/CTG和AAG/CTT,分别占16.52％和12.66％.基于筛选的SSRs,运用Primer3软件进行引物的批量设计,共设计出451对引物.结果说明番茄枯萎病菌基因组中含有丰富的SSR位点.

关键词

genetic markers,genome,ssr

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