吡咯伯克霍尔德氏菌JK-SH007多聚半乳糖醛酸酶基因的克隆及表达分析

[目的]克隆吡咯伯克霍尔德氏菌JK-SH007(Burkholderia pyrrocinia JK-SH007)多聚半乳糖醛酸酶基因(Bp-PG),并阐明BpPG基因在B.pyrrocinia JK-SH007定殖中的生物学功能.[方法]通过设计特异性引物(PG-F、PG-F)克隆BpPG基因,并对其全长基因进行生物信息学分析;采用MEGA 5.0软件进行系统发育树分析;将B.pyrrocinia JK-SH007接种杨树,利用实时荧光定量PCR方法,分析BpPG基因在B.pyrrocinia JK-SH007定殖过程中的差异表达.[结果]BpPG基因全长2001 bp,编码666个氨基酸,预测蛋白质分子量69.23 ku,理论等电点为8.37;BpPG蛋白有6个蛋白质结合位点,属于Glycosyl hydrolases family 28家族,为亲水性蛋白,不具有信号肽.二级结构主要包括α-螺旋、β折叠、延伸链和无规则卷曲,三级结构预测结果与二级结构相符.系统进化分析表明,BpPG与PG(GenBank序列号WP 034181566.1)具有同源性.实时荧光定量PCR结果显示B.pyrrocinia JK-SH007定殖过程中,不同时期的BpPG基因表达量存在差异.[结论]克隆得到BpPG基因,BpPG基因在进化上是保守的,其极有可能在B.pyrrocinia JK-SH007定殖过程中发挥作用.