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四球茶转录组SSR位点信息分析

Ruiyuan LI,Hui XING,Tie SHEN

Journal of Anhui Agricultural University（2017）

Cited 4|Views4
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Abstract
对基于高通量测序拼接获得的99 741条四球荼嫩叶Unigenes进行了SSR (simple sequence repeats)位点分析,共揭示了23 732个SSR位点,分布于18 552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79％;含有SSR位点的Unigenes的总长度为226 188 bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07 kb,重复长度平均长度为9.53 bp.在四球荼转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53％和25.92％;在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38％、22.10％和6.49％,共占总SSRs的比例达69.97％.
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