贵州省17例手足口病肠道病毒71型分离株全基因组序列分析

目的 分析我国贵州地区17株肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株的基因特征及遗传进化情况,探讨本地区EV71病毒的分子流行病学特点.方法 收集2013至2015年贵州省各地区手足口病住院患儿咽拭子样本,提取其病毒核酸,利用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分段扩增其全基因组后进行测序,测序结果 利用DNAMAN8.0软件进行编辑及拼接,然后将病毒基因组序列分别与基因库中其他EV71基因组序列进行Blastn比对,应用MEGA5.2软件中的Neighbor-Joining法构建系统进化树.结果本研究成功分离扩增出17株EV71病毒全基因组序列,其基因组全长均为7405 bp,编码2193个氨基酸.毒株间存在的12处氨基酸位点差异将17株分离株划分为10种氨基酸序列,不同序列与临床类型尚未表现出规律性和相关性.17株EV71分离株间VP1区、5′非翻译区(5′untranslated region,5′UTR)及3′非翻译区(3′untranslated re-gion,3′UTR)核苷酸同源性均较高,其全基因组与A、B、C基因型及柯萨奇病毒A组16型(Coxsakievirus A 16,CA16)代表株进行同源性比较显示其与EV71 C4a亚型代表株同源性最高,为95.3%~98.1%,与CA16代表株同源性最低.17株分离株基于全基因组、VP1区及5′UTR核苷酸序列构建的遗传进化树显示17株分离株自成一簇,与C4a亚型代表株聚在同一大分支上,不同区域构建的进化树亲缘关系远近存在差异.结论 2013至2015年贵州地区流行的EV71毒株基因型为C4a亚型,与国内其他地区流行的EV71基因型一致,暂未出现抗原转变及新亚型毒株输入,但存在着碱基及氨基酸改变,需动态监测;17株EV71分离株氨基酸序列差异与疾病严重程度尚未表现出相关性.