2010-2012年广州地区人冠状病毒分子进化分析

目的 了解2010-2012年广州地区发热呼吸道感染患者的人冠状病毒各亚型分子进化情况.方法 采用RT-PCR法扩增HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63阳性标本的NP、RdRp和S基因部分片段,构建载体后进行测序,利用Bio-edit、Mega4.0、Clustal1.83等生物信息学软件对测序成功的基因序列进行比对和分析,建立HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63不同基因区域的分子进化树.结果 2010-2012年期间,HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63亚型在广州均未检测到重大变异株或重组株.HCoV-OC43与Belgium和中国香港来源流行株亲缘关系较近(GenBank登录号JN129834和AY903460);HCoV-229E与Amsterdam来源的病毒株亲缘关系最近(GenBank登录号JX503060);HCoV-NL63与中国北京和Amsterdam来源的流行株亲缘关系较近(GenBank登录号JX104161和DQ445911).各亚型NP和RDRp为保守基因,S基因变异较大.结论 2010-2012年期间,广州至少存在3种HCoV-OC43、HCoV-229E和HCoV-NL63流行株,没有发现重大变异株或重组株.各亚型NP和RDRp均为保守基因,可用于病毒的检测,S基因变异较大,适用于对分子变异规律的研究.